住宅ローン控除のマイナポ連携FAQ更新 ―「証明書方式→調書方式」移行時の年末調整どうする？

 

国税庁が、
住宅ローン控除に係るマイナポータル連携のFAQを更新しました。

今回のポイントは、

✔ 証明書方式で申告した後に金融機関が調書方式へ移行した場合
✔ 借換えで調書方式対応金融機関に変わった場合

の“年末調整の対応”です。

ここ、かなり実務的に大事です。

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そもそも「証明書方式」と「調書方式」とは？

■ 旧：証明書方式

・金融機関が年末残高証明書を発行
・納税者が税務署へ提出

■ 新：調書方式

・金融機関が税務署へ年末残高調書を提出
・税務当局が納税者へ年末残高情報を提供

つまり、

金融機関→税務署へ直接データ提出
納税者はマイナポータル連携で受け取る

という仕組みに変わっています。

※原則、令和6年1月1日以後居住開始者から順次移行

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今回の重要ポイント1　途中で金融機関が調書方式に対応した場合

初年度は「証明書方式」で確定申告。
その後、金融機関が調書方式に対応。

この場合、金融機関に
住宅ローン控除適用申請書を提出すれば、

税務当局から
年末残高金額等が記載された控除証明書を受け取れるようになります。

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重要ポイント2　申請した“その年”の年末調整は？

ここが一番の実務ポイント。

申請書を提出した年分は、

年末調整用の控除証明書に
年末残高金額が記載されません。

その年は従来どおり

✔ 住宅ローン返済計画表
✔ 残高証明書

などを基に控除額を計算する必要があります。

“すぐに自動化される”わけではありません。

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翌年分以降はどうなる？

■ e-Tax交付希望の場合
→ 毎年11月中旬頃
→ e-Taxのメッセージボックスに格納

■ 書面交付希望の場合
→ 申請手続をすれば年末残高記載の証明書が交付

※申請は遅くとも6月頃までに税務署へ提出

ここ、期限意識が重要です。

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こんな人は要注意

✔ 途中で借換えした
✔ 金融機関が最近調書方式に対応した
✔ 初年度は証明書方式だった
✔ e-Taxか書面か覚えていない

ちなみに、

調書方式対応金融機関は
令和8年2月時点で127行。

そのうち約8割が信用金庫。

都市銀行では
「みずほ銀行」、
ネット銀行では
「住信SBIネット銀行」、「PayPay銀行」などが対応。

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よくある勘違い

「金融機関が対応した＝自動で切り替わる」
ではありません。

申請手続が必要です。

ここを忘れると、年末調整でバタつきます。

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まとめ

✔ 証明書方式→調書方式への移行が進行中
✔ 途中対応の場合は申請が必要
✔ 申請年は従来計算
✔ 翌年以降はデータ連携で簡素化
✔ 6月頃までの申請期限に注意

住宅ローン控除は金額が大きい制度。

“自動化されるから安心”ではなく、
移行期こそ確認が重要です。

田中雅樹（税理士）

●単発相談担当・税務顧問担当はタナカ本人です
●社長の「こうしたい」を取り入れた問題解決を提案
●県内の専門学校・非常勤講師として『租税法』他を担当（2019年4月～）
●FM-FUJI「教えて税理士さん」出演（東京地方税理士会広報活動）
●ブログは毎日