【最新版】通勤手当の非課税限度額が引き上げへ！国税庁Q&A（令和7年11月）をわかりやすく解説
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国税庁は令和7年11月、「通勤手当の非課税限度額の引上げ」に関するQ&Aを公表しました。
今回のQ&Aは 2025年11月19日時点の法令に基づいて作成されており、4月1日以後の支給に関する取扱い を中心に整理されています。
この記事では、同国税庁Q&A（Q2〜Q16）の内容をわかりやすくまとめたものです。
■ 改正の適用時期について
● Q2 改正後の非課税限度額はいつから？
A2
今回の改正は 令和7年11月20日に施行。
そして 令和7年4月1日以後に支払われるべき通勤手当から 改正後の非課税限度額が適用されます。
● Q3 「令和7年4月1日以後に支払われるべき通勤手当」とは？
A3
以下の「支給日」または「効力発生日」が令和7年4月1日以後となるものを指します。
イ：通常の支給
- 契約または慣習で支給日が決まっている → その支給日
- 支給日が定められていない → 実際に支給を受けた日
ロ：給与規程改訂による差額支給
- 支給日が決まっている → その支給日
- 支給日が定められていない → 改訂の効力発生日
※令和7年4月1日前に支払われるべき手当の差額として追加支給する場合を除きます。
■ 支給日の違いによる具体例
● Q4 4月10日に3月分の通勤手当を支給した場合、改正後が適用される？
→ はい、適用されます。
4月10日が支給日であり、4月1日以後に支払われるべき手当に該当します。
● Q5 3月10日に4月分を支給した場合は？
→ 適用されません。
3月10日は4月1日より前の支給日のため、改正前の限度額が適用されます。
● Q6 4月分（4月10日支給）を給与規程改訂により4月1日に遡って増額し、その差額を12月25日に支給した場合
→ 改正後の非課税限度額が適用される。
- 差額の支給日は12月25日
- もとの手当は「4月1日以後に支払われるべき通勤手当」
→ よって差額も改正後でOKです。
● Q7 3月10日に支払った4月分を、規程改訂で1月1日に遡って増額し、その差額を12月25日に支給する場合
→ 改正後は適用されない。
- 元の支給日は3月10日
- これは4月1日以前に支払われるべき手当
→ その差額も改正前の限度額を適用。
● Q8 未払いだった2月分（本来の支給日：3月10日）を4月10日に支給した場合
→ 改正後は適用されない。
本来の支給日が3月10日 → 4月1日以後に支払われるべき手当に該当しない。
● Q9 未払いの8月分（本来の支給日：9月25日）を12月25日に支給した場合
→ 改正後の非課税限度額を適用する。
これは「4月1日以後に支払われるべき通勤手当」を11月20日以後に支給しているため。
■ 年末調整での取り扱い
● Q10 施行日（11月20日）より前に支給した分は再計算が必要？
→ 再計算は不要。
ただし、年末調整の際に 過納分の精算が必要です。
● Q11 使用中の給与ソフトで「源泉徴収簿に計算根拠を記載できない」場合
→ 記載は省略してOK。
正しい年調年税額が算出されていれば問題なし。
● Q12 4月1日に遡り差額支給（追加分も含めて限度額内）の場合、精算は必要？
→ 不要。
合計が改正後の非課税限度額以内であれば、その全額が非課税。
■ 年の中途で退職・死亡した従業員の場合
● Q13 死亡の場合
既に支払った手当が改正前の非課税枠以内 → 精算不要
改正前を超えて支払っていた → 改正後の枠で再計算が必要
● Q14 海外勤務で非居住者となった場合
取り扱いはQ13と同じ。
■ 源泉徴収票の記載
● Q15 支払金額欄に何を記載する？
→ 非課税部分の通勤手当を除いた金額 を記載。
● Q16 退職者に既に源泉徴収票を交付済の場合
改正後の非課税限度額により新たに非課税となる金額がある場合：
- 「支払金額」欄を訂正
- 「摘要」欄に 「再交付」 と明記して再交付
■ まとめ
今回のQ&Aのポイントは次のとおりです：
- 実務判断は「支給日」が基準
- 遡及改訂による「差額支給」の扱いは支給日＋元の手当の性質で決まる
- 11月19日までに支払った分は遡及計算不要だが、年末調整で精算あり
- 源泉徴収票の記載にも注意が必要
- 退職者・死亡者・非居住者などもケースごとの対応が定められている
（※取り急ぎまとめたこともあり、誤りがあったらごめんなさい！）
田中雅樹（税理士）
●単発相談担当・税務顧問担当はタナカ本人です
●社長の「こうしたい」を取り入れた問題解決を提案
●県内の専門学校・非常勤講師として『租税法』他を担当（2019年4月～）
●FM-FUJI「教えて税理士さん」出演（東京地方税理士会広報活動）
●ブログは毎日
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